En l'an 2000, 13 ans après la sortie originale, c'est le coup de théatre : FFI revient en force, remasterisé de A à Z, sur la WonderSwan Color japonaise. On assiste à un véritable feu d'artifice d'améliorations en tout genre :
- Le jeu arbore des graphismes infiniment plus chatoyants et colorés, tout un florilège de détails et de couleurs sont ajoutées! C'est ce même type de visuel kawai qui sera repris pour toutes les autres rééditions
- Les sprites eux aussi sont remodelés pour coller davantage au style RPG 16 bits.
- Les musiques totalement resamplées, de nouvelles sont également ajoutées.
- Les dialogues et le scénario sont réécrits, des cinématiques sont rajoutées pour ponctuer les moments forts.
- Les monstres et les boss ont plus de HP que sur NES (!). Mais vu que le jeu a été quelque peu simplifié, c'est un simple ajustement du gameplay.
- Le menu propose quelques petits réglages permettant de revenir au mode NES original (pour les puristes !). Par exemple, sur NES, si un personnage attaque un monstre qui vient juste d'être battu par un de ses coéquipers, celui-ci va taper dans le vide (et faire un 'raté'). Le réglage permet de faire en sorte que cet attaquant frappe un autre monstre présent à l'écran.